すごく久しぶりにRでinstall.packages()してみたら、
> install.packages("ggplot2") --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'tcltk', details: call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versionsc/3.1/Resources/library/tcltk/libs/tcltk.so': dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/tcltk/libs/tcltk.so, 10): Library not loaded: /usr/X11/lib/libXft.2.dylib Referenced from: /usr/local/lib/libtk8.6.dylib Reason: image not found
とかなんとか出てきて止まってしまった。おそらくOS XをYosemiteにしてからはじめてパッケージインストールを試みたので、そいつが原因だったとは思う。
検索したら同じような症状で困ってる人と解決方法を提示している人が出てきた。
r - Rcmdr launch error in Yosemite (OS X 10.10) - Stack Overflow
書いてあるとおり*1にターミナルから
sudo ln -s /opt/X11 /usr/X11
とやったら無事復帰。
*1:その前にlocateコマンドがよく分からなくて若干手間取ったりもした。(参考:知らない人は損してる?Mac/Linuxの「locate」コマンドで高速ファイル検索|「find」コマンドとの違いから「mdfind」の紹介まで - Qiita)