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WindowsにRStanをインストール

R Windows

基本的にはRStan Getting Started (Japanese) · stan-dev/rstan Wiki · GitHubに従っていけた。

環境

Rtoolsのインストール

  • Building R for WindowsよりRtools34.exeをダウンロード。
  • セットアップ中、"Edit the system PATH"にチェック。

Makevarsファイルを作成するため、次のコードをRから実行。

dotR <- file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R")
if (!file.exists(dotR)) dir.create(dotR)
M <- file.path(dotR, "Makevars")
if (!file.exists(M)) file.create(M)
cat("\nCXXFLAGS=-O3 -mtune=native -march=native -Wno-unused-variable -Wno-unused-function",
    file = M, sep = "\n", append = TRUE)

RStanのインストール

以下のコードをRから実行。

Sys.setenv(MAKEFLAGS = "-j4")
install.packages('rstan', repos = 'https://cloud.r-project.org/', dependencies = TRUE)

インストール完了後、Rを再起動。

C++が動くかどうかの確認

fx <- inline::cxxfunction( signature(x = "integer", y = "numeric" ) , '
  return ScalarReal( INTEGER(x)[0] * REAL(y)[0] ) ;
                           ')
fx( 2L, 5 )
# => 10

最初"cygheap base mismatch detected"が出たので、cygwin1.dllで検索してRtoolsに入っていたもの以外をリネームした(gnupackに入っていた)。
また、「もしg++のバージョンが4.9かそれ以降ならば...」に続くコードを実行してしまうと"Cannot export __gnu_lto_v1: symbol not defined"というようなエラーが出た。Makevarsファイルから該当箇所を削除したら直った(cf.Google グループ)