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RGRからロジスティック曲線を推定する

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植物の重量に上限があったとして、相対成長速度が上限と今の重量の差に比例するとしてみよう。 これは適当な定数をもってきて書き換えると、要するに相対成長速度が重量の一次式で表現できるということになる。 これを相対成長速度の定義に代入する。 そして…

RGRからゴンペルツ曲線を推定する 2

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前回はRGRを重量の対数の変化速度として求めたが、そもそもRGRの定義はであったので、複数のデータポイントがあれば何らかの方法で平滑化して微分すれば、より精度良くRGRが推定できるだろう。例えば前後2点を含めた3点をラグランジュ補間して得た二次関数を…

RGRからゴンペルツ曲線を推定する

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植物の重量について、瞬間的な成長速度は植物の重量に比例すると仮定する。このときを相対成長速度(RGR: Relative Growth Rate)と呼ぶ。もしが変化しないのであれば、植物は指数関数的に増大を続けてしまい、地球は程なくして滅ぶだろう。しかし、植物は無限…

Project Euler Problem 1:10

久しぶりにProject Eulerをやってみようと思ったが、せっかくなので進捗をリセットして最初からにした。 とりあえず10問やってみたが大分脳がヤバくなってる感あったのでちゃんと継続してボケ防止に努めたい。 解答コードはgithubで管理することにして、ここ…

「データ解析のための統計モデリング入門」第9章メモつづき

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前回。 rion778.hatenablog.com これをrstanarmでやってみた。 準備 install.packages("rstanarm") 割と時間かかった。 library(rstan) library(rstanarm) rstan_options(auto_write = TRUE) options(mc.cores = parallel::detectCores()) # データダウンロ…

geom_barにおけるNAの扱い

geom_barというかstat_countの方だと思うけど、例えばこんなデータがあったとして data <- c(1, 2, 2, 3, 3, 3, NA, NA, NA, NA) 普通に棒グラフを描くとこうだ。 ggplot() + geom_bar(aes(data)) ところがfactorにするとこうだ。 ggplot() + geom_bar(aes(f…

WindowsにRStanをインストール

基本的にはRStan Getting Started (Japanese) · stan-dev/rstan Wiki · GitHubに従っていけた。 環境 Windows 10 Pro R: 3.3.1 RStudio: 0.99.903 Rtoolsのインストール Building R for WindowsよりRtools34.exeをダウンロード。 セットアップ中、"Edit the …

カテゴリカルデータ解析読書メモ(第10章)

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決定木 データ全体を説明変数を用いて段階的にグループ分けする手法。 決定木を書く テキストではmvpartパッケージを使用しているが、現在は公開が停止されているので代わりにpartykitパッケージを使用する。 rpart()の代わりに使う関数はctree()であるが、…

Rで逆推定(2)

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はてなから1年前のブログとかいうメールが来てこんな記事を書いていたのを思い出した。 rion778.hatenablog.com 再び少し調べたところ、これはinvestrというパッケージで実行できるらしい。 データとモデルオブジェクトの作成 データは前回と同じものを使う…

カテゴリカルデータ解析読書メモ(第8章)

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対数線形モデル 対数線形モデルにおいては、分割表における各セルの期待度数を予測する。すなわち、複数のカテゴリカル変数の中から特定の目的変数を設定するのでなく、全ての変数について相互の関係を調べることを目的としている。 lonlin()とloglm() 対数…

カテゴリカルデータ解析読書メモ(第7章)

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ポアソン分布 適合度検定はvcdパッケージのgoodfit()関数で行う。 > t <- 0:5 > x <- c(8, 6, 8, 3, 4, 1) > x <- matrix(c(x, t), nr = 6) > library(vcd) > result <- goodfit(x, type = "poisson", method = "MinChisq") > result Observed and fitted va…

カテゴリカルデータ解析読書メモ(第6章)

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ロジット変換 比率pを変換した値と説明変数xの間に線形関係を仮定する一般化線形モデルにおいて、比率pに対する変換として有名なものにロジット変換とプロビット変換がある。いずれもp→0でf(p)→-∞、p→1でf(p)→∞となるような変換であるが、ロジット変換の方が…

カテゴリカルデータ解析読書メモ(第4章)

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オッズとオッズ比 2つの割合とに対して、オッズの比を考えると、このオッズ比が1より大なら、1より小ならである。 オッズ比は、ロジスティック回帰において回帰係数がオッズ比の対数に一致することや、患者対照研究のようにオッズ比のみが推定できる研究方法…

カテゴリカルデータ解析読書メモ(第3章)

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第3章の内容は大体知ってる事なのでささっと。 二項検定 > binom.test(405, 765) Exact binomial test data: 405 and 765 number of successes = 405, number of trials = 765, p-value = 0.1116 alternative hypothesis: true probability of success is no…

カテゴリカルデータ解析読書メモ(第2章)

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気付いたら買って本棚に飾ってあったので読んでいる。カテゴリカルデータ解析 (Rで学ぶデータサイエンス 1)作者: 藤井良宜,金明哲出版社/メーカー: 共立出版発売日: 2010/04/22メディア: 単行本 クリック: 13回この商品を含むブログ (3件) を見る 準備 insta…

Rで複数条件抽出&集計

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このようなデータフレームがあって、条件c1とc2に基づいて何らかの集計をしたいとする。 また、データフレームはdfというオブジェクトに代入されているとする。 tapply > with(df, tapply(v, list(c1, c2), mean)) 1 2 a 1.689910 2.563432 b 1.780409 2.568…

グループ変数に応じて複数の折れ線グラフを書く

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緑色の本のp.119に載っている図と似たものを書こうとして、 d <- data.frame(q = rep(c("q0.1", "q0.3", "q0.8"), c(9, 9, 9)), p = c(dbinom(0:8, 8, 0.1), dbinom(0:8, 8, 0.3), dbinom(0:8, 8, 0.8)), y = rep(0:8, 3)) というようなデータを準備したもの…

RStudioのキーバインド変更

Windowsでのお話。 Tools -> Modify Keyboard Shortcuts...で出来るようになっているという話だけど、Ctrl+hをBackSpaceにしたいとかCtrl+zをPgUpにしたいとか思ってもどうもうまく出来ないので結局AutoHotkeyを使うことにした。ほんの少しゴニョゴニョした…

ggplot2で凡例のラベルと項目名を操作する

ラベルと項目名を操作する 以下の説明ではggplot2を含めて3つのパッケージを使う。 library(dplyr) library(tidyr) library(ggplot2) データは次のように準備した。 # テストデータの準備 testdata <- data.frame(x = seq(1, 10, 0.1)) %>% mutate(sin = sin…

facetのstripのtextを変更する

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ggplot2でfacet_gridやfacet_wrapを使ってグラフを分割描画した際に、各グラフについているラベル(strip)のテキストは、何もしなければ分割に用いたグループ名が自動的に入る。 例: ggplot(iris, aes(x = Petal.Length, y = Petal.Width)) + geom_point()…

飽和水蒸気圧の求め方

何年か前に飽和水蒸気圧の求め方に関して、Goff-Gratchの式やTetensの式やMurrayの式について少し触れたことがあった*1のだが、最近Wikipediaを見ていたらTetensの式だと思っていたものが Tetens(1930)のパラメータ値によるAugust他の式 飽和水蒸気量 - Wiki…

ggplot2で任意の線分

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baseライブラリ中のlines()に対応するggplot2のレイヤー関数はgeom_line()であると説明される場合が多く、大抵の場合はそれで事足りるのだが、任意の位置に線分を描き込みたいという場合はあまり使い勝手が良くない。 例えば、「統計学:Rを用いた入門書(Mi…

分布の集中度を調べる

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ランダムか、集中か 水田の調査圃場において、正方形に区切った調査区画毎にニカメイガの卵塊が次のように見つかったとする。 egg <- c(2,4,1,1, 4,0,3,3, 4,3,0,1, 3,2,1,1, 2,1,4,3, 2,2,1,0, 1,0,5,1, 2,1,3,2, 2,2,2,2, 4,1,1,2, 3,2,0,1, 1,2,1,0) もし…

Rで逆推定

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JMPには逆推定というコマンドがある 次のようなデータを用意して、線形回帰を行うとする。 temp <- rep(c(15, 20, 25), c(5, 5, 5)) day <- c(34, 33, 36, 37, 35, 30, 28, 29, 25, 28, 23, 25, 22, 24, 26) こんなかんじで適当に。 > result <- lm(day~temp…

ggplot2で縦に並べたグラフの横幅を揃える

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(※2015/06/03 20:27追記あり) 下記の記事に基づく発言に関連してどうも某所で勘違いが発生しているようなので。R Recipe: Aligning Axes in ggplot2 | Exegetic Analyticswww.exegetic.biz 使用データ 下記のように生成したものを用いる。 x <- 0:100 x <-…

RStudioの折りたたみ機能

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今更ながらコードの折りたたみ機能が付いている事に気付いた。 詳細はCode Folding and Sections – RStudio Supportを参照。 折りたたみ設定されるもの ブレース(波括弧{})で括られた領域。 R SweaveやR Markdownドキュメントにおけるコードチャンク。 R M…

S3

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RStudioではじめるRプログラミング入門を読んだ。RStudioについて詳しい情報があるかと思っていたのだが、これについてはそこそこの記述だった。 ただ、全体的に見て、Rとプログラミングをゼロから学ぼうと思うのであれば良い情報量だと感じた。リゲス本なん…

gap.plot()で省略される部分のラインを途中まで描く

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plotrixパッケージに含まれるgap.plot()関数は、データの途中を省略したプロットを行う関数で、以前に少し紹介した。 ギャップのあるデータを途中を省略してプロットする - もうカツ丼はいいよな このとき、typeに"o"、"l"、"b"などを指定した場合、省略範囲…

Rでinstall.packages()しようとしたらエラー

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すごく久しぶりにRでinstall.packages()してみたら、 > install.packages("ggplot2") --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'tcltk', details: call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpa…

ギャップのあるデータを途中を省略してプロットする

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ギャップのあるデータ 例えばこのようなデータが有るとする。 testdata <- data.frame(x = 1:10, y = c(1,3,2,4,3,21,23,22,24,23)) 前半と後半の間にデータの大きな飛躍があるため、そのままプロットすると前半部、後半部の変化が相対的に小さくなって見難…